甚至，在百工院内部，一些年轻的技术官僚在私下交流中，也开始讨论“效率”与“旧制”的矛盾。例如，在规划某地水利工程时，按照最佳技术方案，需穿过某家世族的祖坟山地或祠堂附属田地，按旧例几乎不可行，需耗费大量时间金钱绕道或协商。有年轻官员嘀咕：“为一姓之私利，损万民之公利，延宕工程，浪费公帑，此等‘旧制’‘旧例’，合理性何在？难道不该为‘效率’与‘公益’让路吗？” 这种将技术理性置于传统宗法利益之上的思考，虽未敢公开表达，却已如种子埋下。

第三股潜流：对“君”与“民”关系的再思考。

这或许是最敏感、也最隐晦的一股思潮。它的萌发，与两个看似不相干的现象有关：一是《万物之理》等通俗读物将许多过去被垄断或神秘化的知识“祛魅”，使“知识权力”一定程度上扩散；二是朝廷在推广格物、整饬宗教、管理出版等过程中，不得不更多地依赖律令、条文、公开演示来说服或规范民众，这无形中强化了“规则”和“证据”的意识。

在苏州一家颇有名气的书院，山长在讲解《孟子》“民贵君轻”章句时，一位大胆的学生提问：“先生，孟夫子言‘民为贵，社稷次之，君为轻’。然则，若君之行事，明显不利于民，甚至有害社稷（学生举了前朝某些昏君暴政的例子），民当如何？仅能‘箪食壶浆以迎王师’，待新君取代旧君吗？有无……常例、律法可循，使君权有所制约，不致如此反复？”

这个问题极为尖锐，山长脸色骤变，厉声呵斥其“妄测圣意，非议君上”，并罚其闭门思过。但问题本身，如同投入心湖的石子，在在场学子心中激起的涟漪却难以平息。孟子的民本思想古已有之，但将其与对君权的“制约”、“常例律法”联系起来思考，却是一种危险的引申。

更耐人寻味的是，在江南一些新式工厂聚集的市镇，开始流传一些改编自传统戏曲或话本的小故事。故事里，清官断案不再仅仅依靠“天理良心”或“鬼神托梦”，而是越来越依赖“物证”（指纹、特殊痕迹、化学检验）和“逻辑推理”；故事里，明君治国，也越来越多地表现为“询访匠人”、“鼓励格物”、“依法惩贪”。在这些通俗文艺的再创作中，“英明”的标准在悄然变化，从纯粹的“仁德”向“理性”、“务实”、“重法”偏移。民众（主要是市民）通过他们喜闻乐见的形式，隐约表达着他们对“理想统治者”的新期待。

甚至，在朝廷中枢，一些深受陆沉思维影响的年轻官员，在起草涉及民生政策的奏章时，也开始尝试引入“数据”和“预期效果分析”（尽管非常原始）。例如，在论证推广某种新农具时，他们会引用某地试点的粮食增产数据，估算全国推广后的总收益，并与投入成本比较。这种“成本-效益”的思维，虽然服务于皇权，但其内在逻辑却隐含了一种超越个人意志的、可计算、可验证的“治理理性”。

这些分散的、程度不一的早期启蒙思想萌芽，呈现出几个共同特点：

与格物之学紧密相关：多数新思想的触发点，都来自对自然世界的新认识（如天文、物理）或新技术带来的社会变化（如蒸汽机、新式工场）。

尚未形成系统理论：多是针对具体问题、现象的感悟、疑问或牢骚，缺乏完整的哲学建构和政治纲领。

传播范围有限且分化：主要活跃在接触新知识较多的士人（尤其是年轻、寒门或边缘士人）、工商业者、中下层技术官僚以及部分市民阶层中。传统的士大夫主体、广大的农民群体，多数尚未被触及。

与旧有思想资源交织：它们常常借用或改造传统概念（如“理”、“气”、“民本”、“经世致用”）来表达新意，以减少阻力，这也使得新旧思想的边界有时显得模糊。

然而，这些萌芽已经足以引起各方势力的警惕与不同反应。

保守派士大夫的惊恐与反击最为激烈。他们将种种新思潮斥为“异端邪说”、“洪水猛兽”，认为其动摇国本（三纲五常）、惑乱人心、挑战圣学正统。以张载道（虽已隐退但其门生故旧仍在）、周崇礼等为代表的清流，纷纷撰文、讲学，大声疾呼“卫道”，强调“天理人心不可违”、“纲常名教乃立国之基”、“奇技淫巧终非正道”，试图以道德舆论压制思想异动。他们向朝廷施加压力，要求加强对书院、出版、乃至士人言论的管控，甚至有人暗示，百工院和《万物之理》是这一切乱象的根源。

皇权与革新派核心的审慎与焦虑。萧云凰、陆沉、沈文渊等人，对思想领域的变化感受最为复杂。他们既是新思潮的间接推动者（通过推广格物），又必须确保变革在可控范围内，不能危及皇权稳定和社会秩序。萧云凰在听取曹正淳关于各地“异论”的密报后，曾对陆沉坦言：“民智渐开，如幼兽露齿，既可御外侮，亦可能伤及自身。朕欲借其力以图强，又恐其力反噬。” 他们既需要利用这种新思想带来的活力冲击旧势力，又必须小心翼翼地为其划定边界，防止其走向颠覆性方向。因此，朝廷的策略呈现出矛盾性：一方面，继续支持格物教育与出版繁荣；另一方面，通过《出版条律》明确禁止直接攻击皇权、否定纲常核心的内容，并加强了对书院讲学的“引导”（实为监控）。

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